Une découverte archéologique fortuite a eu lieu en 1963 lors de travaux liés au remembrement. Une main de bronze de 22 cm de haut a été exhumée dans les prés de la rive gauche près de l'Ill. Les archéologues considèrent qu'il s'agit d'une main de Jupiter Sabazios dont l'index et le majeur sont levés en signe de bénédiction. Ce culte a été introduit par les légionnaires romains et est attesté en Alsace au début de notre ère. Sur les versants sud-ouest de la vallée, un établissement gallo-romain a été détecté.
La date de la première mention du village remonte à 1290. Aux archives de Bâle, se trouve un registre du couvent de Sankt Leonhard qui cite au verso de la page 75 une « Mechthild de Henfelingen » qui doit une rente sur des biens à Mittel Müspach (Muespach) (Staatsarchiv Basel-Stadt, Klosterarchiv Sankt Leonhard A)..
Weltschlin de Hirtzbach cède en 1351 à l'abbaye de Lucelle des biens situés à Bettendorf et « Henfflingen ».(Trouillat Monuments de l'histoire de l'ancien évêché de Bâle Tome IV p 653).
En 1358, Katharina Schaller fait don d'une rente sur des biens situés dans le finage du village de Henflingen au châpitre de la cathédrale de Bâle (Theoblad Walter Alter Zehnt des Basler Domstiftes Altkirch 1912).
Henflingen est une possession de nobles de Löwenberg jusqu'en 1366 date à laquelle le village passe par mariage aux Münch de Münchenstein. Les Habsbourg renouvelleront ce fief régulièrement jusqu'à la fin du 16ème siècle.
Henflingen était incorporé dans la mairie de Bettendorf dans la seigneurie d'Altkirch. En 1697, le village ne compte que 10 feux. Ce chiffre doublera avant la révolution française.
En 1845 est achevée la construction de la mairie école avec un clocheton dotée d'une cloche de 90 kg.
En novembre 1915, un pont en bois sur pilotis de 44 mètres de long est construit sur l'Ill par le génie militaire allemand pour permettre au Feldbahn de relier Grentzingen à Feldbach. Ce pont stratégique est bombardé par un canon français de 240 mm situé dans la forêt près de Fulleren le 13 août 1917 (30 obus).
Le village est évacué le 18 juin 1917 à Münchhausen dans le Bas Rhin.
Le génie français fait sauter le pont sur l'ill en juin 1940.
Le 01 octobre 1941 la commune de Henflingen est fusionnée dans Grenzingen par les autorités allemandes. Retour à la situation antérieure à la libération qui a eu lieu le 20 novembre 1944.
L'école de Henflingen est fermée en 1972, les enfants du village sont scolarisés à Grentzingen.
La nouvelle mairie est inaugurée en 24 mai 2009.
