L'existence de cette localité est très peu connue. Il ne devait s'agir que d'un grand hameau. Il est mentionné en 1290 comme Henflingen dans le registre du couvent Saint Léonard de Bâle qui cite à nouveau « Mechthild, veuve de Jo. dit Hemflinger, de Niderndorf » (Staatsarchiv Basel-Stadt, Klosterarchiv Sankt Leonhard A).
Le 27 mars 1302, Peter le maire de Niderdorf vend avec sa femme Hedwig des biens situés à Köstlach avec l'assentiment de son seigneur Johan de Löwenberg (Staatsarchiv Basel-Stadt Klosterarchiv Sankt Maria Magdalena Regesten N°29).
En 1420, un parchemin du couvent de Saint Morand d'Altkirch cite les droits de la cour colongère « zu Nyderndorff, zu Krentzingen und zu Hemfflingen ». Le Dinghof (cour colongère) que possédait le couvent de Saint Morand devait se trouver à Niederdorf car dans l'urbaire du même couvent de 1460 on cite les droits du "Dinghoff zu Niderndorff" uniquement.,
Cet urbaire sépare Grentzingen, Henflingen et Niederdorf dont les biens sont listés sur deux pages. Le document mentionne le ruisseau et le chemin de « Niderdorff » et donne une précieuse indication géographique en citant un lopin de terre situé entre le ruisseau de Niederdorf et la Breite Hurst. Il cite aussi l' "almend ze Niderndorff" ce qui prouve l'existence d'une communauté spécifique.
En 1563, un autre urbaire du couvent de Saint Morand cite un pré « beim hoff zu Niderdorff » qui touche le Herrenweg.
Niederdorf est cité pour la dernière fois en 1768 dans le Brinnighofer Berain à travers la mention "auf der Niederdorfer Bach".
Notons aussi le lieu-dit « Guethäuslenmatten » situé à gauche du Herrenweg non loin de la limite communale entre Grentzingen et Henflingen. Ce nom évoque une léproserie. Est-ce un pré légué à une léproserie ou le pré d'une léproserie vestige de Niederdorf, nul ne le sait.
