L'acte plus ancien qui cite Oberdorf est daté du 11 mars 1309. Dans ce document conservé à Bâle, Heinrich von Roelingen et sa femme vendent une ferme à « Oberndorf » ainsi que des biens à Oberndorf et Grenzingen.
(Staatsarchiv Basel-Stadt Klosterarchiv St. Clara Urkunde Nr 99).
Le village d'Oberdorf était un fief de la famille noble des Eptingen qui le détenait des nobles d'Asuel (Hasenburg) eux mêmes inféodés par l'évêque de Bâle. Le 22 octobre 1333, le chevalier Johann Epting vom Blochmont, dénommé Spengelin, cède avec l'assentiment de Walter d'Asuel ses droits sur Oberdorf à ses neveux, nobles d'illzach, de Burnkirch et d'Hirtzbach, fils de ses soeurs avec la haute et basse justice, ses gens et ses biens, champs et forêts. Dès le 4 mai 1395, l'ensemble de ces droits reviennent dans la famille des Eptingen avec le rachat par Petermann Eptingen, dit de Bisel, de la part de Werner de Burnkirch (Trouillat Monuments de l'ancien évêché de Bâle tome IV page 839).
Les nobles d'Eptingen avaient des droits importants dont celui de haute justice (droit d'exécution d'une personne d'où le lieu-dit « Galgenberg ») qu'ils ont gardé jusqu'à la Révolution française. Les Eptingen portaient le titre de seigneurs d'Oberdorf. Les habitants d'Oberdorf bénéficiaient d'un statut particulier.
En 1697, Oberdorf compte 17 feux. Le droit d'accepter des juifs était réservé aux seigneurs dotés de droits régaliens ce qui explique pourquoi une communauté juive ait pu s'installer à Oberdorf au XVIII° siècle après avoir été chassé de la ville de Bâle et compter en 1784 28 familles avec 132 membres.
En 1848, les habitations et biens des familles juives subissent des actes de vandalisme comme à Dürmenach. Les communes de Grentzingen et Oberdorf sont condamnées à indemniser les victimes.
En 1892, arrivée du train Altkirch-Ferrette qui passe par la rue principale. Une halte est crée au niveau de la mairie actuelle.
Le village n'est pas évacué pendant la guerre 1914/1918.
En 1924, construction de la laiterie, oeuvre d'une coopérative qui regroupait les éleveurs de la région.
En juin 1940, le génie français fait sauter le pont de l'Ill.
Le village est incorporé dans la commune de Grenzingen le 01 octobre 1941. Il retrouve son indépendance à la libération qui a lieu le 19 novembre 1944 par le groupement Gardy (CC3 de la première division blindée française).
En 1985, Oberdorf se dote de sa propre mairie après le rachat en 1984 de l'ancienne laiterie.
